Ciao, per tua fortuna anch'io utilizzo un Pebble e ho avuto lo stesso tipo di conflitto, che mi ha portato ad indagare sulla causa che ho scoperto oggi.
Come hai intuito la colpa e' del servizio di accessibilita' di Pebble per avere i permessi di lettura notifiche. Questo va in conflitto con l'UI di sistema (com.android.systemui) ogni qual volta quest'ultima ha bisogno di riavviarsi (reboot del telefono) o riconfigurarsi (applicazione nuovo tema et similia). Il conflitto sta in alcuni elementi della status bar che non vengono letti dal servizio.
La soluzione e' disabilitare il servizio di accessibilita' prima di effettuare una delle due operazioni sopracitate, tipo riavvio o cambio tema, per dare il tempo al processo UI di completare l'avvio, per poi riabilitarlo.
Dovrebbe funzionare, intanto ho gia' provveduto a notificare il bug (con allegato logcat):
http://en.miui.com/thread-24398-1-1.html