Ho risolto finalmente.
Io installo sempre dal sito direttamente sul Note 2 Prime.
Poi tramite "Updater" selezionavo "Scarica pacchetto aggiornamento" o anche "Seleziona pacchetto aggiornamento" ma sceglievo sempre la 5.10.8 anziché la 5.10.16 appena scaricata perché credevo che quest'ultima mi cancellasse tutte le app come mi era sempre capitato fino ad ora...siccome non era la stessa rom.
Adesso ho capito invece che selezionandola mi si AGGIORNA la rom, non viene sostituita!!
Scusate per la mia precedente insistenza, spero di essere stato di aiuto ad altri.
Un'ultima cosa: io ho solo eliminato la "cache" da CM Security e poi lanciato manualmente l'aggiornamento scaricato.
Basta così vero?
Inviato dal mio Xiaomi Redmi Note 2 Prime