Si non ti resta che utilizzare SpFlash Tools, alcuni danno questo problema, cosi installi l'ultima stable cin/ing e poi fai cio che vuoi, sicuro funziona tutto, compreso updater non so l perchè ma quando arrivano questi cell già aperti per installare qualcosa, ogni tanto non funziona qualcosa come l'updater, sarà che per prenderli a buon mercato prendono delle versioni con rom stock appena uscite , vecchiotte che non cè piu supporto, perche anche a me è capitato che anche se era una rom stock cin/ing non riceveva ne funzionava l'updater chi sa che combinano.
http://www.smartylife.net/blog/guida-tornare-alla-versione-stock-stable-redmi-note-3.html
segui questa guida , installando l'ultima versione di stock cin/ing che la prendi dal sito di en.miui.com , mi raccomando devi scaricare la versione fast boot
http://update.miui.com/updates/v1/fullromdownload.php?d=hennessy&b=F&r=cn&n=
eccola